Les kayaks « sit-on-top » placent les pagayeurs sur un pont ouvert et alvéolé, au-dessus du niveau de l'eau. Ce modèle est généralement utilisé pour les activités en eaux calmes, car il est souvent difficile de rester à l'intérieur du kayak, tout en empêchant ce dernier de chavirer et en permettant à l'utilisateur de se redresser en cas de chavirage. Les kayaks « sit-on-top » présentent certains avantages, comme la possibilité de sécher le compartiment, qui s'étend généralement sur toute la longueur du kayak et qui, en plus d'améliorer la flottabilité, permet aux pagayeurs de ranger divers équipements. Les kayaks « sit-on-top » sont souvent équipés d'orifices d'évacuation permettant à l'eau de s'écouler par le pont et de sécher. Un cockpit ou une jupe d'étanchéité assure l'étanchéité au niveau de la taille. Il existe différents types de kayaks à cockpit qui offrent généralement un meilleur contrôle grâce à la possibilité de prendre appui sur les parois pour effectuer des manœuvres de chavirage. Une variante courante des kayaks de type « cockpit » est le « cruise boat », généralement un kayak très court permettant d'effectuer des figures et des manœuvres. Les kayaks gonflables sont un hybride des deux premières configurations. Ces embarcations possèdent un pont ouvert, mais les pagayeurs sont assis en dessous. Souvent plus instables du fait de leur position plus haute sur l'eau, elles sont fréquemment utilisées dans un contexte plus commercial et sont parfois surnommées affectueusement « Duckies ». Le kayak tandem, quant à lui, se distingue de la plupart des kayaks, conçus pour plusieurs pagayeurs. Il peut être utilisé par deux, voire trois personnes.